Bhutan có bốn hệ thống sông chính: Drangme Chhu; Puna Tsang Chhu, còn được gọi là Sankosh; Wang Chhu; và Amo Chhu. Mỗi dòng chảy nhanh chóng ra khỏi dãy Himalaya, phía nam qua sông Dooars để tham gia sông Brahmaputra ở Ấn Độ, và từ Bangladesh qua Brahmaputra (hoặc Jamuna ở Bangladesh) tham gia vào sông Hằng (hoặc Padma ở Bangladesh) chảy vào vịnh Bengal. Hệ thống sông lớn nhất, Drangme Chhu, chảy về phía tây nam từ bang Arunachal Pradesh của Ấn Độ và có ba nhánh chính: Drangme Chhu, Mangde Chhu và Bumthang Chhu. Những nhánh này hình thành nên lưu vực sông Drangme Chhu, trải rộng trên phần lớn miền đông Bhutan và thoát ra khỏi thung lũng Tongsa và Bumthang. Trong Duars, nơi tám chi lưu tham gia, Drangme Chhu được gọi là Manas Chhu. Sông Puna Tsang Chhu dài 320 km, mọc ở phía tây bắc Bhutan là Mo Chhu và Pho Chhu, được cung nước bởi tuyết từ dãy Himalaya. Chúng chảy về phía Punakha, nơi chúng nối với nhau để tạo thành Puna Tsang Chhu, chảy về phía nam của bang Tây Bengal của Ấn Độ. Các chi lưu của Wang Chhu dài 370 km tăng ở Tây Tạng. Bản thân sông Wang Chhu chảy theo hướng đông nam xuyên qua phía tây-trung tâm Bhutan, chảy qua các thung lũng Ha, Paro và Thimphu, và tiếp tục đi vào Duars, nơi nó đi vào Tây Bengal với tên gọi Raigye Chhu. Hệ thống sông nhỏ nhất, Torsa Chhu, được gọi là Amo Chhu ở phía bắc của nó, cũng chảy ra khỏi Tây Tạng vào thung lũng Chumbi và nhanh chóng qua phía tây Bhutan trước khi mở rộng gần Phuntsholing và sau đó chảy vào Ấn Độ.[9]